Ewa Kowalska-Zając jest absolwentką Akademii Muzycznej im. Grażyny i Kiejstuta Bacewiczów w Łodzi (dyplom w zakresie teorii muzyki – 1989 i kompozycji – 1991). W latach 1997/98 była stypendystką The Research Support Scheme działającego w ramach Open Society Institute / Higher Education Support Programme (OSI/HESP), dla którego realizowała projekt: „Roman Haubenstock-Ramati: His Attitude towards European Avant-Garde".

Autorka książek: Bernard Pietrzak (1924-1978) – portret kompozytora (1998); Oblicza awangardy. Roman Haubenstock-Ramati (2000); XX-wieczny kwartet smyczkowy w twórczości kompozytorów polskich – przemiany, nurty, idee (2005), Zobaczyć muzykę. Notacja polskiej partytury współczesnej (2019) oraz licznych artykułów o problematyce awangardy i twórczości kompozytorskiej XX i XXI wieku. Współautorka leksykonu Łódzkie środowisko kompozytorskie 1945-2000 (2001) oraz wielu haseł biograficznych.

Od 1989 r. zatrudniona w Akademii Muzycznej w Łodzi, gdzie w latach 2008-2016 pełniła funkcję dziekana Wydziału Kompozycji, Teorii Muzyki, Dyrygentury, Rytmiki i Edukacji Muzycznej, a od roku 2018 jest kierownikiem Katedry Teorii Muzyki. W roku 2021 uzyskała tytuł profesora sztuki muzycznej. Odznaczona Srebrnym Krzyżem Zasługi (2002) i Złotym Krzyżem Zasługi (2022). Jest członkiem Związku Kompozytorów Polskich i PTMW.